Объем музейных фондов МАУК «Ишимский музейный комплекс им. П.П. Ершова» насчитывает 46673 единицы хранения, из них 38683 предметов основного фонд, остальные – 7990 научно-вспомогательного. Разнообразное по составу собрание включает произведения живописи, графические работы, предметы нумизматики, археологии, редкие книги, документы, фотографии и многое другое.
Основные сведения о музейных предметах и музейных коллекциях, вносятся в Государственный каталог РФ и являются общедоступными.